Assessing and Addressing the Reliability of Hybridization Signals by Investigating the Cross Hybridization Effects On Cdna Microarrays(I)

由於人類基因組研究計畫( human genome project)完成、獲得人類染色體的大部分序列後，有關人類基因的研究進入後基因體時代(Postgenomic era)。如何在這些龐大的序列資料中，探索基因的功能及其間的交互作用就成為生物、醫學專家最重要工作之一。為了瞭解人類基因的功能和交互作用結構、篩選有差異表現基因，例如正常人和病患基因表現的差別，或搜尋轉錄因子。生物及醫學研究專家利用基因微陣列晶片，能同時且大量自動化的得到整體基因的表現量，予以統計分析及建構整個基因體的表現模式。互補核酸晶片(cDNAmicroarray)用於檢測細胞基因轉錄時整體表現，已是應用在實驗室的技術。用互補核酸晶片量測出來的核醣核酸(mRNA)表現量仍是一個爭論不休的議題。其中一個造成無法真正量測到核醣核酸表現量的問題，是由於互補核酸晶片採用雜交(hybridization)的方法使得探針(probe)和標的物(target)結合。我們採用BLAST(BasicLocal Alignment Search Tool)分析長庚基因體中心晶片上的探針的專一性，以實驗數據驗證對某一基因家族產生交互雜交及具有專一性的探針會影響到期望的數據，並建立一個數學模型修正實驗所得到的數據，以期能得到核醣核酸的表現量。

Project ID:PB9408-3265
External Project ID:NSC94-2213-E182-023