建置流感病毒加值資料庫以有效探勘病毒基因標誌

流感病毒是一種可以感染多種宿主的病毒。其中的A型流感病毒（IAV）可以廣泛感染各式禽鳥類動物和哺乳動物。雖然禽鳥類中的IAV通常不容易直接傳播給人類，但最近的研究顯示，一些高病毒量或高度突變的禽類IAV可以導致非常嚴重、甚至死亡的人類案例。由於禽類和哺乳動物細胞之間有著非常不同的受體結合機制，禽流感與人流感在病毒胺基酸上普遍被認為存在一些物種屏障，以致禽流感病毒不容易跨越該屏障以有效傳播給人類。我們在2006年的一個研究中將之定義為一定數量的特徵點（signature position），在這些點上，禽流感與人流感各自保存有不同的氨基酸。當這些點上發生的特異性突變，就可能可以使禽流感病毒成為人流感病毒。在這項研究中，我們提出了一個演算法，以病毒蛋白序列各個位點胺基酸組成所計算出的熵閥值（entropy threshold）為橫軸，在某個熵閥值下所可以得到的特徵點數量為縱軸，藉著搜尋特徵點數量呈現高原區（plateau）的熵閥值，取其中間點作為該蛋白的熵閥值，以擷取所需的特徵點。這個方法改進了先前只用PB2蛋白第627個位置的熵值作為閥值來決定10個IAV蛋白的特徵點，不僅能夠發現更多適合的特徵點，也可以從每個蛋白質所參與的蛋白質序列中自動去計算出最佳的熵閥值。我們相信這種高原區的形成，是病毒基因高度演變下的自然聚集（aggregation）結果。這個方法也可以應用於研究IAV的其他表徵特性（phenotype），或涉及高度突變基因組的其他病毒。

系統編號:PB10408-5760
原計畫編號:MOST104-2221-E182-064