建立一個顯示癌症相關基因及基因調控的研究工具

基因與癌症的關係密不可分，但由於基因與基因之間的作用相當複雜，詳細的機轉並不清楚。由於生物技術的進步，目前已經可以偵測出細胞內的癌症相關基因，而這些基因與特定的某些癌症的產生與進行有關。我們之前的研究計畫已建立一個癌症相關基因的資料庫(cancer-related genes database, CRGD)，此計畫將以CRGD為基礎加上公開的基因資料庫，例如: NCBI 與 GeneCards，建立一個顯示癌症相關基因及基因調控的研究工具，以利研究者很快的得到癌症相關基因及基因調控的資訊。我們將利用文字探勘程式，BioRAT，擷取有關癌症相關基因及基因調控的報告。如果報告顯示癌症相關基因與向上調控有關，則在基因旁邊註記(u)。如果報告顯示癌症相關基因與向下調控有關，則在基因旁邊註記(d)。以此類推，基因旁邊註記(b)，表示報告顯示癌症相關基因與向上及向下調控皆有關係。基因旁邊註記(e)，表示有相關，但調控關係不清楚。在清楚癌症相關基因調控關係後，我們將利用HTML語言在網路上建立一個顯示癌症相關基因及基因調控的研究工具，只要使用者在工具的網頁上輸入一種癌症的名字，立刻可以顯示癌症相關基因及基因調控的關係。這些基因並且可以經由基因家族資料庫例如HGNC, TAIR及Genetic Home Reference等，追朔到其基因家族(gene family)，了解它們的互通性。基因家族是由一群相似的基因組成，而且被證明源自於同一個基因祖先。基因家族內的基因，常具有相似的生物化學反應，相似的序列樣式(sequence motifs)及構造。癌症相關的基因及基因調控的關係與基因家族將顯示於多個格子內，每一格子代表一個癌症相關的基因家族，內含家族內癌症相關的基因及其調控機轉。這些有相同來源的基因具有相似的構造與功能，研究者可了解同一癌症細胞內，基因間的互相關係。第一年，將以我們熟悉的膀胱癌為例，建立顯示膀胱癌相關基因及基因調控的研究工具。第二、三年將陸續完成可應用於32種癌症的研究工具。此工具可快速的提供研究者癌症相關的生物資訊，增進研究的效率，這些資訊將有助於尋找生物標記(biomarker)的研究。

系統編號:PB9907-10769
原計畫編號:NSC99-2221-E182-035