發展基於多核心加速器的樣式比對分析平台

Lin, Chun-Yuan (PI)

研究計畫: 國家科學及技術委員會(原科技部) › 國家科學及技術委員會學術補助

摘要

次世代定序列技術已成為近年來重要的研究領域，隨著定序技術的發展，總體基因體學也逐漸成為相當熱門的研究主題，在總體基因體學方面，透過DNA 定序等技術，我們可以取得環境中所有的樣本資料，進而觀察微觀下的生物多樣性，從而了解微生物的世界，在大量定序生物基因體序列之後，接下來的研究工作就在於如何分析這些龐大的資料，並進而註解這些基因的功能。近十年來，多核心加速器的推陳出新，除了早期NVIDIA 所提出的Tesla 加速器之外，Intel 也提出以XEON 架構為主的Phi 加速器，而NVIDIA 在近期亦推出嵌入式架構的Jetson TK1 加速器。過去，我們已經在NVIDIA Tesla 加速器上發展相關的樣式比對工具，然而，依據不同的應用需求及計算環境，在新的加速器上發展這些樣式比對工具仍有其必要性，因此，本計畫的目標就在於針對Intel XEON Phi 以及NVIDIA Jetson TK1 等加速器，發展其樣式比對的分析平台，其主要的工作有:1. 建構以NVIDIA Jetson TK1 加速器為基礎的樣式比對分析工具、發展一系列blast工具於所建構的平台上。2. 建構基於Intel XEON Phi 加速器之樣式比對分析工具、發展基於Intel XEON Phi加速器之blast 系列比對工具。3. 建構基於多核心加速器的樣式比對分析平台。

Project IDs

系統編號:PB10408-5738
原計畫編號:MOST104-2221-E182-050

狀態	已完成
有效的開始/結束日期	01/08/15 → 31/07/16

Keywords

資訊科學--軟體
次世代定序技術
樣式比對
總體基因體學
多核心加速器
平行處理

存取研究計畫-專案

https://www.grb.gov.tw/search/planDetail?id=11576726

發展基於多核心加速器的樣式比對分析平台

研究計畫-專案詳細資料

摘要

Project IDs

Keywords

存取研究計畫-專案

指紋