高危險群B系急性淋巴性白血病基因次亞型之鑑定暨對新發現的基因變異作功能分析

背景：急性淋巴性白血病(ALL)是兒童最常見的癌症。近年來兒童 ALL病患的治癒率逐年進步。然而，成人ALL 的治療成果則顯著較兒童差。過去十年來許多證據顯示：年輕成人ALL 病患接受兒童ALL 治療方案，可改善其預後。微量殘餘白血病細胞(MRD)監測目前被廣泛應用於風險評估，並用以調整後續治療計畫。現況，MRD 監測在歐美主要的兒童ALL 研究群被認為是兒童ALL 最重要的預後因子。至目前為止，台灣成人ALL 病患完全沒有根據MRD 結果來調整的治療方案，我們將使用兒童治療方案(TPOG-ALL 2013)，並根據MRD 結果來調整治療，以改善年輕成人ALL 病患的治療結果，進而應用並改善台灣成人ALL 病患治療效果。除此之外，新近全基因體技術的進展，也使得許多新穎的基因變異被發現發生於兒童ALL，尤其是類費城染色體(Ph-like)亞群。最重要的是，類Ph ALL 病患預後極差，它包含多種新發現的基因變異亞型，且大部份新發現的基因變異，為標靶藥物的標的基因，對於類Ph ALL 病童的治療有重大指標意義。然而，成人ALL 在這方面之資料不明，其臨床價值更待研究。本計畫將使用各種新技術來早期篩選並鑑出可能受益於高強度化學治療或標靶藥物治療的類PhALL 病患。目的: 我們的目標為：(1) 篩選成人(年齡大於39歲) B系ALL以及根據TPOG-ALL 2013治療方案而具高MRD 值的高風險兒童及年輕成人類Ph ALL 群，進一步鑑定新近發現的各種基因變異的亞型；(2) 利用全轉錄體定序(RNA-Seq)以及全外顯子體定序(WES)於不具常見融合基因之類Ph ALL 群中，找尋新的融合基因以及新突變基因；(3) 研究本計畫新發現之融合基因、新突變基因或新的SH2B3 基因突變型的生物功能及對標靶藥物的反應；(4) 分析各種基因變異及其相互關係，並將其與病患之臨床特徵及治療效果作關聯性分析。材料和方法：我們將使用已建立的 15 個標靶基因低密度 microarray card 來分析成人和具高風險之兒童及年輕成人ALL 初診斷的骨髓細胞之基因表現，以鑑定出類Ph ALL群。之後，找出高度表現CRLF2 之高風險B 系ALL，再以反轉錄聚合酶鏈鎖反應找出P2RY8-CRLF2 以及螢光原位雜交技術找出IGH-CRLF2 亞型。沒有CRLF2 重組者，將進一步使用多重聚合酶鏈鎖反應法偵測具活化酪氨酸激酶或激素受體相關的多種已知融合基因，並利用次世代定序技術鑑定JAK/STAT 訊息傳遞路徑相關基因之突變。對於無活化酪氨酸激酶或激素受體相關的融合基因之類Ph ALL，將再進一步以全轉錄體定序找尋是否具新穎的融合基因，及以全外顯子體定序找尋新基因突變。根據次世代定序技術偵測出之新融合基因、新突變基因，或新SH2B3 突變型標的，將被轉殖表現在細胞株內，以研究其細胞增生和存活狀況，並以西方墨點法或磷酸化流式細胞儀等技術分析訊息分子之磷酸化程度，其對於不同特定抑制劑的藥物反應也將被評估。最後，各種基因變異以及其相互關係將與病患之臨床特徵及治療效果作關聯性分析。意義：針對所有成人 B系 ALL，以及由引導緩解期 MRD的監測值篩出高風險 B系 ALL病童，鑑出具高風險的Ph ALL 群及其各種不同路徑之基因變異亞型，將來楔入特殊的標靶抑制劑，將可改善對高風險B 系ALL 病人的療效，提升治癒率。

系統編號:PC10601-0359
原計畫編號:MOST104-2314-B182-032-MY3