開發生物資訊新工具去探索RNA病毒序列、結構、功能與演化--以流感病毒與腸病毒為應用模型-新興病毒之分子序列分析-探討基因型與表現型之間的對應關係

研究計畫: 國家科學及技術委員會(原科技部) 國家科學及技術委員會學術補助

研究計畫-專案詳細資料

摘要

在這個三年計畫中,我們希望透過病毒基因序列之分析,來研究基因序列上觀察到的變化,是如何對應到病毒的幾種重要的「表現型」(phenotypes),主要包括(1) 研究病毒之基因演變(genetic changes)與抗原性演變(antigenic changes)的相關性;我們將發展一套演算法,將1-D 的胺基酸序列轉換成2-D 的lattice 資料結構,並且依此來描繪抗原性的變化。(2) 搜尋與病毒自身複製能力(viral replication)相關的基因位點;我們將發展一套演算法,從不同病毒蛋白的序列排比中找出具有共同變異(co-variation)現象的位點,來證明病毒蛋白之間的共同演化(co-evolution),和他們與病毒複製能力之相關性。(3) 蒐集不同毒性的病毒在整個病毒基因組相同與相異的位點,來探討基因的多樣性(genetic diversity)與表現型(phenotype)的關係;主要以發掘phenotype-associated signatures 為目的。選定的病毒將以最具突變能力的RNA 新興病毒之一:「流行性感冒病毒」(influenza viruses)為主,另外也會應用到台灣另一個重要的病毒-腸病毒之上,特別是會引起重症的腸病毒71 型。我們將在計算的技術上與其他子計畫相互支援,我們分析的結果,也需要與其他子計畫的成果做比較與整合。另外透過與本人參與之長庚大學新興病毒研究中心(包含專精於分子病毒學、免疫、抗病毒藥物、與感染症之流行模式等之成員)各項交流與諮詢,我們也期望能將計算的成果與病毒之分子生物學,以及感染症疾病之病徵作較完整之結合,並且利用我們研究的成果,對新興病毒基因體序列的內容,給予適當的註解;一旦實驗室將新病毒的序列訂定出來,我們就可以利用資訊的方法,達到快速鑑定與描繪病毒特性(genetic characterization)的目的。

Project IDs

系統編號:PB9801-2177
原計畫編號:NSC97-2221-E182-034-MY3
狀態已完成
有效的開始/結束日期01/08/0931/07/10

Keywords

  • 資訊科學--軟體
  • 新興病毒
  • 生物資訊

指紋

探索此研究計畫-專案觸及的研究主題。這些標籤是根據基礎獎勵/補助款而產生。共同形成了獨特的指紋。