病毒與宿主基因序列間共同肽之資料探勘

「肽」（peptide）是一種小型的生物巨分子（macromolecule），是一種通過肽鍵連接成的氨基酸短鏈，長度從最小的2 個胺基酸短鏈到數十的氨基酸之間。在分子生物學實驗中，合成的短肽常被應用作為與標的蛋白質反應的抗體，並廣泛用於檢測臨床實驗室中的病毒病原體。最近科學家發現，不同蛋白質之間的「共同肽（common peptide）（在最近的文獻中或被稱為「分子模擬（molecular mimicry）」）」，可能會引起非預期性的分子相互作用。不僅在兩種病毒蛋白之間發現的共同肽（短至6-aa 長）可能導致臨床診斷中的偽陽性結果，這種共通處也可能是眾多分子相互作用中，某些交叉反應性（crossreactivity）發生的原因。在這個計畫中，我們將開發一個序列分析平台，揭示不同蛋白質序列中所存在的共同肽序列，並建置一資料庫供醫學生物學家查詢。我們將以台灣常見的兩種新興病毒出發－流感病毒和腸病毒，搜尋病毒蛋白質序列與人類基因蛋白質組中，所具有長度至少在6 個胺基酸以上的共同肽片段。我們過去幾十年來，對這兩種病毒分子序列和流行病學特徵累積了充分的研究能量，加上長期與長庚大學新興病毒研究中心及長庚醫院臨床病毒學實驗室的密切合作，使我們有機會和信心，將發現的共同肽推到實驗室做驗證或臨床應用。我們的平台，將包括一個高效能的搜尋引擎，我們稱為共同肽搜尋器（Common Peptide Explorer，簡稱CPE）來標定流感病毒與人類蛋白質體，以及腸病毒與人類蛋白質體之間的共同肽序列。另外，我們將開發一個資料庫系統（Common PeptideDataBase，簡稱CPDB）來儲存這些資訊，以利使用者查詢。我們期望這些發現，將提升生醫學者對於共同肽於基本分子病毒學的知識，特別是進一步了解病毒和宿主之間的相互作用。

系統編號:PB10703-1491
原計畫編號:MOST106-2221-E182-066