呼吸道病毒總體基因體/轉錄體分析

本研究之目的在於建構一個分析次世代定序基因序列(next-generation-sequencing)之分析流程，並用以解析臨床檢體中所含有的病毒種類、它們的基因序列、以及基因的變異度。為了避免消耗龐大的定序資源，我們將多個檢體混合在一起，再送往定序。長庚醫院多年來因檢驗業務需要，累積了大量的臨床檢體，其中有部分檢體雖然在實驗室細胞凋零實驗中都有呈現病變(cytopathic effect, or CPE)，但在一般的檢驗流程下，卻都無法鑑定出其中含有何種病毒。我們將42個這類檢體分成8組，分別送交定序，各自產生了約1.5GB的序列資料。經過我們的分析，我們發現其中含有29個人類鼻病毒(human rhinovirus, or HRV)、10個人類副腸孤病毒(human parechovirus, or HPeV)，及各有一個伊科病毒(echovirus)、腺病毒(adenovirus)與輪狀病毒(rotavirus)。大部分的病毒都經過進一步的聚合酶連鎖反應(polymerase chain reaction, or PCR)確認了其存在性。應用這些NGS序列，我們得以組裝出這些病毒的基因組(genome)，並且可以呈現出其中病毒特有的變異性(genetic variation)。針對這42個臨床檢體，我們發現其中有一個HPeV-1具有6個在演化上遭刪除的核苷酸，這在文獻上是未曾被報導過的。除了發現多個HPeV的變種基因位點之外，我們也注意到有一個HPeV-3是由其他HPeV-4重組(recombination)而來的。這些都說明了我們建構的次世代定序基因序列分析流程，是可以偵測出一般檢驗流程無法鑑定的病毒，與傳統Sanger的定序方法相較，我們的方法還可以組裝出病毒的基因組，並且探究其可能的基因變異度。

系統編號:PB10308-4278
原計畫編號:MOST103-2221-E182-022