利用下一代高通量測序技術釐清人類乳突病毒陰性的子宮頸腺癌是否存在並探討其致病機轉之研究

子宮頸癌之發生率佔世界女性癌症發生率的第三位及死亡率第四位。目前在流行病學和分子生物學上已有相常強烈的証據顯示，人類乳突狀病毒(HPV)是子宮頸癌的主要原因，超過90%的子宮頸癌及其癌前病變可歸諸於HPV的感染。HPV是一個雙股環狀的去氧核醣核酸病毒。大約7900 鹼基、7-9 個基因而在早基因(E)的上游還有長控制區域(LCR)。若使用多種敏感的偵測方法，且努力最適化實驗步驟往往可以做到將近100%子宮頸癌都是HPV陽性。因此就引發到底有沒有HPV陰性的子宮頸癌？有沒有與HPV無關的致癌機轉呢？此爭議作再多的共同聚合體鏈狀反應(polymerase chain reaction,PCR)也無法排除有一些型別的基因片斷沒有去測試的關係。一般而言子宮頸癌HPV陽性率腺癌低於鱗狀上皮癌。且在文獻上且今年十月剛舉行的國際婦癌醫學會(International Gynecologic Cancer Society, IGCS)雙年會中，一個歐洲的報告認為亮細胞癌和漿液性腺癌HPV陰性、另一個日本團隊報告認為微偏離腺癌也是HPV陰性，但他們都只用一個偵測方法。在本團隊過去在HPV偵測方法的改良使子宮頸癌HPV陽性率從96.6%提高至 99.3%。但有10 例子宮頸腺癌仍然HPV陰性。下一代高通量測序技術及分析方法在數週之內完成全基因體完整的DNA序列，可提供之絕佳機會去解答是否有HPV陰性子的子宮頸腺癌這個爭議性的問題。 2011 年我們將與清華大學生物醫學科技研發中心王雯靜教授合作，先使用清華大學GenomeAnalyzer II分析儀，長庚大學校長也決定「Next/third Generation Sequencing Core」建立前合作的平台。我們將在長庚大學2011-2012 建立「Next/third Generation SequencingCore」，地點設於醫學大樓8 樓共190 坪購置相關設備，提供全基因體、轉錄體以及表觀遺傳體(exome)之核心平台發展之基礎。鄧致剛副教授將擔任本子計劃共同主持人結合生物資訊以及統計分析，建置高通量分析方法及之流程，包括處理高通量定序產出的序列之組合(assembly)、較短序列之序列重譯(resequencing)、功能註解(annotation)、和建構轉錄體(transcriptome)及表觀遺傳體等工作。第一年我們會請兩位婦癌病理醫師長庚醫院薛綏醫師和臺北榮民總醫院解剖病理科賴瓊如醫師獨立判讀病理切片，作組織學之次型分纇：黏液性腺癌(類子宮內膜型、子宮頸管型、腸型、胃型)、亮細胞癌、漿液性腺癌和微偏離腺癌等。已在檔案內的10 例子宮頸腺癌先用CUT PCR 仍然HPV陰性者則進行30 倍的全基因體完整的DNA定序，若減去人類基因所餘序列去比對HPV在公共網站上的所有HPV型別仍然HPV陰性者則做到60 倍，仍然HPV陰性者則可認定無HPV序列，然後再進行下一例。反之，長庚醫院已有檔案內的微偏離腺癌有一例已知為HPV51，所以需要作全基因體完整的DNA定序個案數應不超過5 例，經費不足的部份長庚醫學研究有相對配合款補助；第二年下半年即可進行無HPV序列子宮頸腺癌與HPV陽性子宮頸腺癌在全基因體、轉錄體以及表觀遺傳體有何不同。HPV陰性子宮頸腺癌的致病機轉之探討可以發現新穎的分子標的。是否有HPV陰性子的子宮頸腺癌，本計畫將可得到一個確定的結論；而若真的有HPV陰性子的子宮頸腺癌其致病機轉與HPV陽性子宮頸腺癌有何不同？本計畫的成果將可大大提昇臺灣在HPV研究在世界上的重要性及地位。

系統編號:PC10007-1133
原計畫編號:NSC100-2314-B182-017